会厌囊肿的发病原因目前尚不明确，但考虑与以下因素有关饮食习惯不良的饮食习惯，如长期摄入辛辣刺激性食物，或者饮食不均衡，可能会刺激会厌部位的黏膜，增加囊肿形成的风险周围环境长期暴露在污染严重的环境中，如空气中的尘埃化学物质等，也可能对会厌部位的黏膜产生不良影响，从而诱发囊肿黏。

会厌囊肿主要是由于会厌黏膜的黏液腺管阻塞喉先天性发育畸形所引起的其中炎症刺激是后天性会厌囊肿的高危因素，先天性会厌囊肿又称为喉黏液囊肿，是因为发育期喉小囊扩大并且充满黏液所致后天性会厌囊肿，常因为喉的慢性炎症机械刺激和创伤引起黏膜内腺体阻塞，分泌物不能正常排出，逐渐肿大形成囊肿。